Zagrożeniem dla efektywności programów lojalnościowych jest w szczególności branża, w której działa firma. Zdażają się bowiem przypadki, że obsługa programu lojalnościowego, wydatki poczynione na reklamę i ogólny maketing, karty lojalnościowe oraz przydzielane klientom rabaty są tak kosztowne, że wcale nie przynoszą korzyści, które powinny i dla których systemy lojalnościowe zostały stworzone. Dlatego przed przystąpieniem do realizacji programu, musi zostać przeprowadzona analiza rynku, która wykaże stosowność wdrożenia do firmy systemu lojalnościowego. W branżach, w których mamy doczynienia z niskimi marżami, a konkurencja jest duża programy lojalnościowe mogą się nie sprawdzać i występuje tu zagrożenie małej rentownościu systemu. Druga sprawa to sposób budowania lojalności wobec naszej firmy. Potrzebne są różne pomysły i oryginalne rozwiązania by klienci kuszeni przez konkurencję pozostali przy naszej firmie.